Camillo Camilliani, figlio di Francesco Camilliani che l'aveva addetto, venne incaricato della supervisione dei lavori: eccentrico e affatto modesto o misurato nelle spese, con il suo estroso collaboratore Michelangelo Naccherino, lavorarono alla fontana fino al 1581. Ne risultò un'opera "vastasa" , a vasche concentriche disposte simmetricamente e su tre livelli, che agli occhi dei cittadini rappresentava la corruzione della municipalità cittadina, malvoluta non solo per lo sperpero del denaro pubblico, ma anche per l'immorale nudità delle statue. Si dice che le statue senza veli infastidissero soprattutto le suore di un convento nei pressi, costrette a passarvi davanti ogni giorno.
L'iniziale significato di ogni singola parte e statua della fontana, quando essa divenne la fontana Pretoria perché posizionata appunto nella piazza su cui si affaccia il Palazzo Pretorio, venne in parte modificata. Così, si stabilì che le statue nelle quattro vasche del primo livello rappresentassero i fiumi palermitani Gabriele, Oreto, Papireto, ma non il quarto corso d'acqua, che avrebbe dovuto essere il Kemonia, piuttosto le fonti che danno origine al lago artificiale di Maredolce . Le altre statue rappresentano animali reali e immaginari, tritoni e nereidi, divinità mitologiche. In particolare, vi si riconoscono Venere e Apollo, Adone e Diana, Ercole, Mercurio e Pomona. La statua di Bacco, al terzo livello, venne reinterpretata dal poeta e avventuriero Antonio Veneziano, autore cinquecentesco di tanti versi in lingua siciliana, come raffigurazione del Genio di Palermo, nume tutelare della città, assieme a Santa Rosalia.
Nel tempo la fontana della vergogna subì numerosi atti vandalici, che oltre ad altre spese per il restauro costrinse all'installazione di una cancellata di sicurezza nel 1737.
La mancanza di apprezzamento per l'opera continuò anche nel 1800, dopo che la fontana fu anche oggetto di sfogo per diatribe tra messinesi e palermitani, con sfregi apportati dai primi alla suddetta e dai secondi al Nettuno del Montorsoli, per ripicca. La cancellata, disegnata dall'architetto Giovan Battista Filippo Basile nel 1858, fu rimossa nel 1865, dopo uno dei tanti restauri (da segnalazione che l'ultimo restauro ebbe inizio nel 1998 e terminò nel 2003), ma fu riposizionata nel 1872, e ancor oggi circonda la fontana, che comunque, seppur tra tante polemiche, resta uno degli elementi urbanistici più spettacolari della città.
Una curiosità ulteriore sulla fontana Pretoria di Palermo: l'emissione di un francobollo da 25 lire da parte di Poste italiane, nel 1973.